ĐHQG-HCM được thành lập trên cơ sở tập hợp các trường đại học lớn và chuyên ngành tại TPHCM, do đó vai trò của Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM càng có ý nghĩa trong việc tập trung nguồn lực và thống nhất ý chí, mục tiêu thực hiện. Theo Quy chế hoạt động, Hội đồng có cơ cấu 2/3 là các cán bộ thuộc ĐHQG-HCM trong đó bao gồm Ban Giám đốc và các Hiệu trưởng (Viện trưởng) các Trường ĐH (Viện nghiên cứu) thành viên và 1/3 thành viên là các nhà quản lý nhà nước, hoạt động xã hội và quản lý doanh nghiệp. Qua ba nhiệm kỳ Giám đốc, ĐHQG-HCM đã có ba Hội đồng được bổ nhiệm và đi vào hoạt động.
Ngay từ những ngày mới thành lập, Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM nhiệm kỳ 1, với sự tham gia của các đồng chí lãnh đạo hai địa phương TPHCM (đ/c Trương Tấn Sang) và tỉnh Sông Bé (đ/c Nguyễn Minh Triết), đã có những quyết nghị quan trọng trong việc xác định mô hình, định hình và triển khai những cơ sở đầu tiên của ĐHQG-HCM tại khu Thủ Đức – Dĩ An. Ý tưởng về một khu ký túc xá sinh viên với sự tham gia xây dựng của các địa phương đã được đề xuất từ ủy viên Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM, Chủ tịch UBND TPHCM Trương Tấn Sang.
Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM nhiệm kỳ 2 đã có những quyết định hữu hiệu trong việc ổn định tổ chức cũng như phát triển cơ sở vật chất trong giai đoạn Ổn định và phát triển này. Theo nghị quyết của Hội đồng, các đơn vị mới được hình thành: Trường ĐH Quốc Tế, Trường ĐH Công nghệ Thông tin …; hệ thống cơ sở hạ tầng, các tòa nhà của các đơn vị thành viên lần lượt mọc lên. Khu ký túc xá sinh viên với sự tham gia đầu tư xây dựng của các địa phương đã xuất hiện, một trong những công trình đầu tiên và quy mô lớn nhất là quà tặng của TP.HCM qua sự đề xuất của Bí thư Thành ủy TPHCM Nguyễn Minh Triết.
Tiếp nối kinh nghiệm hoạt động của hai Hội đồng trước, vai trò và vị trí của Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM nhiệm kỳ 3 đã được khẳng định thông qua các hoạt động nề nếp và hướng đến bản chất. Hiện nay, Hội đồng có 18 ủy viên bao gồm ba thành phần: các cán bộ quản lý và giảng dạy của ĐHQG-HCM, các nhà hoạt động xã hội và quản lý doanh nghiệp, đại diện lãnh đạo hai địa phương TPHCM và tỉnh Bình Dương. Hội đồng có các tiểu ban chuyên trách (chuyên môn, tài chính và chiến lược) và sinh hoạt tập trung định kỳ 3 lần/năm nhằm thảo luận và quyết nghị về cơ cấu tổ chức, chiến lược phát triển, các quyết sách lớn của ĐHQG-HCM; về kế hoạch hàng năm cũng như giám sát việc chỉ đạo thực hiện kế hoạch đó của Ban Giám đốc.
Dưới sự lãnh đạo toàn diện của Đảng bộ, Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM đã từng xác lập vai trò, vị trí và cơ chế hoạt động nhằm góp trí tuệ cho hoạt động điều hành của Ban Giám đốc và bộ máy hành chính để triển khai nhiệm vụ chính trị mà nghị quyết Đại hội Đảng bộ đã thông qua. Mỗi phiên họp Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM là một đợt sinh hoạt nghiêm túc và đầy trách nhiệm của các thành viên Hội đồng, của các cán bộ quản lý chủ chốt ĐHQG-HCM, với một tinh thần cộng đồng, cùng lắng nghe, cùng trao đổi và tìm ra những biện pháp tốt nhất nhằm xây dựng và phát triển ĐHQG-HCM, phát triển một hệ thống đại học lớn của Việt Nam theo nhiệm vụ mà Nhà nước đã giao phó.
Từ các nghị quyết của Hội đồng, Ban Giám đốc chỉ đạo triển khai và các trường, viện nghiên cứu thành viên, các đơn vị trực thuộc, thống nhất thực hiện với độ tự chủ, thế mạnh và đặc thù riêng từng đơn vị, tạo nên hiệu ứng chung trên toàn hệ thống. Có thể khẳng định rằng những thành quả của ĐHQG-HCM ngày nay không thể tách rời với kết quả hoạt động của Hội đồng của ĐHQG-HCM.
Một ủy viên Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM, Hiệu trưởng một trường đại học thành viên, đã phát biểu: “Hoạt động của Hội đồng Đại học ĐHQG-HCM là một thành công của mô hình” và hơn nữa, đó chính là nguồn gốc của sức mạnh thống nhất của hệ thống ĐHQG-HCM!